Nous sommes deux ans après les évènements de Kingdom Hearts II. Après avoir reçus une lettre du roi, Sora est repartie en compagnie de Donald et Dingo pour une nouvelle aventure, mais peu après leur départ, ils disparurent. Cela fais bientôt un an, certains racontent que les ténèbres se sont emparés de leur cœurs, d’autres disent que le temps glorieux des Maîtres de la Keyblade est révolu, et qu’une nouvelle ère, sombre et dangereuse se rapproche… Les sans-cœur et les similis ne représentent plus une menace et leurs agissements semblent inexistants, grâce à l’intervention d’un nouveau groupe, oublié depuis longtemps mais revenu, la guilde des Hunters. Pourtant des plus en plus d’étranges et inquiétants évènements se déroulent les uns après les autres… Une nouvelle Organisation composée de treize similis bien plus puissants fait son apparition, ils se proclament indifférents au sort du monde mais conspirent à de noirs desseins. Désirent-ils toujours un cœur et ont-ils pour objectif de reformer le Kingdom Hearts disparu, de reformer le royaume des cœurs dans son intégralité ? [...]